这一时期最突出的特点是，在传统学术领域不断延伸和推进的同时，关于海疆史基础理论的研究日益深入；在专题研究不断深化的同时，关于中国海疆历史演进规律的探索逐步展开。在新史料和考古资料广泛利用的基础上，随着研究手段和研究方法的推陈出新，海疆史跨学科、整合性研究的趋势日益明显，从而在诸多重大理论问题上取得了创新性成果。由于此一时期海疆史研究所涉及的面十分宽泛，所以分述如下：

　　1．关于历代海疆思想、海疆政策及海防问题的研究

　　从历代海疆思想和海疆政策的角度，探讨我国治理海疆的历史规律，无疑是揭示海疆历史演进极为重要的途径。学者们围绕不同时期的海疆政策及其思想根源展开了探索，并引起越来越多的关注。代表性成果有孙海峰《略论明朝的海洋政策》、何瑜《清代海疆政策思想探源》、李德元《海疆迷失：对中国传统海疆观念的反思》、庄国土《论中国海洋史上的两次发展机遇与丧失的原因》等。

　　肇始于元代的“海禁”政策对中国历史的进程产生重大影响，这一时期对该问题的研究取得了较大进展。邓端本《试论元代的海禁》、李宪堂《大一统秩序下的华夷之辨、天朝想象与海禁政策》、卢建一《明代海禁政策与福建海防》、李金明《论明初的海禁与朝贡贸易》和《明代后期部分开放海禁对我国社会经济发展的影响》、叶萍《明清海禁立法之比较》等是代表性的成果。

　　在历代海防思想、古代海军的发展等问题的研究中，清代和近代海防问题、“海防”与“塞防”之争等成为重点。张铁牛、高晓星《中国古代海军史》、张唏海《中国海权报告(古、近代部分)》、王宏斌《清代前期海防：思想与制度》和《晚清海防：思想与制度研究》、戚其章《晚清海军兴衰史》、秦天等主编《中国海权史论》、许毓良《清代台湾的海防》、海军军事学术研究所和中国军事科学学会办公室编《甲午海战与中国海防》等，均是历代海防研究中的重要成果。论文方面，董丛林《湘、淮派系因素与晚清海军、海防》、戚其章《晚清海防思想的发展及其历史地位》、何平立《略论晚清海防思想与战略》等具有一定代表性。

　　对清末以来历史人物的海防思想进行深入研究，是这一时期的又一个特点。代表性成果有王生怀《刘铭传对沈葆桢筹划台湾海防的继承与发展》、闫存庭《文祥与近代中国的海防和塞防之争》、苏小东《林则徐、魏源海防战略思想之异同及其影响》、戚其章《姚莹的海防思想与海国研究》、史滇生《李鸿章和北洋海防》等。

　　2．关于海上丝绸之路及海上贸易史的研究

　　由于宋代至明清是我国古代海上贸易发展、变化较为剧烈的时期，所以深受学术界的重视，研究内容涉及有关政策、制度等方面。余思伟《中外海上交通与华侨》，李金明、廖大珂《中国古代海外贸易史》是海外贸易史研究中有代表性的成果。

　　与陆地丝绸之路一样，海上丝绸之路一直为国际学术界所重视。20世纪80年代以后，我国学术界对“海上丝绸之路”的研究逐步展开，并逐渐形成热潮。l980年陈炎先生在国内学术界较早论述了“西南丝路”、“西北丝路”与“海上丝路”的关系，并出版了《陆上和海上丝绸之路》和《海上丝绸之路与中外文化交流》两部著作。l991年，福建省社会科学院成立“中国与海上丝绸之路研究中心”。同年，海洋出版社出版陈高华、吴泰、郭松义编《海上丝绸之路》；1995年福建人民出版社陆续出版《中国与海上丝绸之路论文集》(上、下卷)、《海上丝绸之路与福建》、《海上丝绸之路与伊斯兰文化》等著作；l998年浙江人民出版社出版《丝路文化》陆上篇和海上篇；l998年汕头大学出版社出版《海上丝绸之路与潮汕文化》；l999年福建人民出版社出版《海上丝绸之路研究》。此外还发表了大量论文，如唐嘉弘、张建华《海上丝绸之路疏证》、刘重日《明代海上丝绸之路与澳门》等。

　　进入21世纪后，关于海上丝绸之路的研究依然蓬勃开展，呈现两个特点：一是研究的深度和广度大大扩展，学术专著和论文大量涌现；二是社会关注度大大提升，除学术界外，各级政府和社会各界热情参与，并将这一研究与各地社会经济的发展联系起来，举办的学术讨论会难以计数，而有关海上丝绸之路始发地点的讨论更是成为重点。主要成果有陈良伟《丝绸之路河南道》、黄启臣主编《广东海上丝绸之路史》、泉州港务局和泉州港口协会主编《泉州港与海上丝绸之路——纪念郑和下西洋六百周年论文集》、王元林《国家祭祀与海上丝路遗迹——广州南海神庙研究》、李庆新《海上丝绸之路》、宁波市文物保护管理所等编著《宁波与海上丝绸之路》、吴传钧主编《海上丝绸之路研究》、刘凤鸣《山东半岛与东方海上丝绸之路》、顾涧清等《广东海上丝绸之路研究》、合浦县人民政府与北海市地方志办公室合编《北海合浦海上丝绸之路史》等。