我们党关于科学发展观历史地位与指导意义的阐释，以及理论界的相关研究，大体上可划分为两个阶段：从提出科学发展观到党的十七大召开为第一阶段，党的十七大以来为第二阶段。经过长达八年多实践的检验和推动，科学发展观不断得到丰富发展，已形成一个较为成熟的系统的理论体系；深入学习实践科学发展观活动取得丰硕成果，收到显著成效。
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　　党中央在提出科学发展观后，多次对这一创新理论的历史地位与指导意义作重要阐述。2003年10月14日，胡锦涛在党的十六届三中全会上指出：“树立和落实科学发展观，这是20多年改革开放实践的经验总结，是战胜非典疫情给我们的重要启示，也是推进全面建设小康社会的迫切要求。”全会通过了《中共中央关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》，将“坚持以人为本，树立全面、协调、可持续的发展观，促进经济社会和人的全面发展”确立为深化经济体制改革的一大原则。2004年3月，胡锦涛在中央人口资源环境工作座谈会上发表讲话，指出：“科学发展观总结了20多年来我国改革开放和现代化建设的成功经验，吸取了世界上其他国家在发展进程中的经验教训，概括了战胜非典疫情给我们的重要启示，揭示了经济社会发展的客观规律，反映了我们党对发展问题的新认识。全党同志都要从贯彻‘三个代表’重要思想和十六大精神的战略高度，从确保实现全面建设小康社会宏伟目标的战略高度，深刻认识树立和落实科学发展观的重大意义，坚定不移地树立和落实科学发展观，更好地完成新世纪新阶段我们肩负的历史任务。”（《十六大以来重要文献选编》（上），中央文献出版社2005年版，第483、465、850页。）同年5月，胡锦涛在江苏考察工作时明确指出：“科学发展观对整个改革开放和现代化建设都具有重要指导意义。”2005年10月，他在党的十六届五中全会上进一步阐释了科学发展观的指导意义：“科学发展观，凝结着我们几代共产党人带领人民群众建设中国特色社会主义的心血，也反映了多年来世界各国发展的经验教训。因此我们说，科学发展观是指导发展的世界观和方法论的集中体现，是我们推动经济社会发展、加快推进社会主义现代化必须长期坚持的重要指导思想。”（《十六大以来重要文献选编》（中），中央文献出版社2006年版，第61、1090页。）2007年2月，曾庆红在省部级主要领导干部学习《江泽民文选》专题研讨班的总结讲话中，对科学发展观等理论创新成果的历史地位作了如下诠释：“邓小平理论和‘三个代表’重要思想是马克思主义中国化的重要成果，十六大以来党中央提出的一系列重大战略思想是马克思主义中国化的最新成果。这个最新成果同邓小平理论和‘三个代表’重要思想，既一脉相承，又与时俱进，从多方面丰富发展了邓小平理论和‘三个代表’重要思想。”（《十六大以来重要文献选编》（下），中央文献出版社2008年版，第895页。）由以上看出，中央对科学发展观历史地位与指导意义的判断经历了一个过程，随着时间推移，认识不断深化、越来越充分。
　　围绕科学发展观的历史地位与指导意义，学者们展开了积极研讨。从总体上看，关于科学发展观指导意义的研究受到更多关注，显得较为突出,主要在下述两个方面有深入阐发。　一是科学发展观的全面指导意义。针对认为科学发展观只是单一解决经济发展问题的观点，有学者指出，领导干部一定要从政治高度看待科学发展观，科学发展观实际上要解决三个可持续发展问题：一是实现经济发展的可持续，通过新型的经济发展模式，走出一条有中国特色的低成本、低代价的经济发展道路；二是实现政治发展的可持续，通过建立社会主义民主政治，实现社会主义政治文明的可持续发展；三是实现人文社会发展的可持续，通过社会主义的思想、文化、道德和和谐社会建设，实现社会主义精神文明和社会与人的全面可持续发展。（参见王伟光：《应从五个高度正确认识科学发展观》，《北京日报》2007年7月2日。）有学者认为，“党中央提出科学发展观，决不是什么个别的、局部的具体政策，而是总揽全局的重大战略思维和决策”（陈志尚：《论科学发展观的实质和意义》，《毛泽东邓小平理论研究》2007年第1期。）；另有学者指出，科学发展观还是指导党的建设的理论，“只有科学发展观贯彻落实好了，党的先进性建设才能真正落到实处”（李慎明：《科学发展观也是指导党的建设的理论--兼谈如何理解科学发展观与八大战略思想、党的建设的关系》，《北京日报》2007年6月25日。）。
　　二是科学发展观的长远指导意义。不少学者认为，改革开放特别是建立社会主义市场经济体制以来，我们在取得巨大成就的同时，也遇到一些矛盾和问题，包括在发展问题上存在片面认识；这不仅涉及我们的发展还能不能继续下去的问题，更涉及在新世纪里我们党究竟要领导建设一个什么样的中国的问题，因此必须在全党确立一种与我们党执政理念和国家性质相一致的正确的发展观。有学者分析，科学发展观的提出，表明我们党认识到这些问题产生的主要原因，找到了解决的根本方法，使我们在探索中国特色社会主义道路上向前迈了一大步，在科学社会主义发展的历史进程中具有重大意义。“科学发展观进一步明确了正确的发展思路和方向，是统领经济社会发展全局的指导思想，是推进我国改革开放和社会主义现代化建设必须长期坚持的指导方针。”（《科学发展观是我们党对发展规律认识的新的飞跃--访中国社会科学院常务副院长冷溶》，《人民日报》2006年3月27日。）
　　关于科学发展观的历史地位，理论界给予充分肯定，并重点围绕以下两个方面展开了研讨。
　　一是科学发展观在十六大以来理论创新成果中的地位。关于科学发展观、构建社会主义和谐社会这两个重大战略思想究竟谁居于核心地位的问题，起初大家有不同认识，后来渐渐趋于一致，认为科学发展观在其中处于核心地位。有学者进一步分析指出，在十六大以来党中央提出的九大战略指导思想中，科学发展观与其他八大战略思想之间是统领和被统领的关系。“科学发展观是指导其他八大战略思想其中包括构建社会主义和谐社会的理论基础，是要达到其他八大战略目标和完成其他八大战略任务其中包括构建社会主义和谐社会的船和桥，而其他八大战略思想则是科学发展观在社会各个领域贯彻时的展开。”（李慎明：《从辩证唯物主义和历史唯物主义的高度看待科学发展观的创立及其重大意义》，《前线》2007年第7期。）
　　二是科学发展观在马克思主义中国化进程中的关联与定位。多数学者认为，科学发展观直接继承和发展了邓小平理论和“三个代表”重要思想中关于发展的思想，与其是一脉相承、继承发展的关系。有学者指出，“科学发展观是我们党关于社会主义建设指导思想的继承和发展”（郑新立：《科学发展观是我们党关于社会主义建设指导思想的继承和发展》，《人民日报》2005年11月18日。），“在马克思主义中国化进程中，处于承前和深化、发展和超越的重要地位”（温宪元：《科学发展观的历史地位和指导意义》，《南方日报》2007年10月11日。）。
　　党的十七大创造性地用“中国特色社会主义理论体系”概念来整合新时期以来党的理论创新成果，将科学发展观等重大战略思想与邓小平理论、“三个代表”重要思想相并列，揭示了三者之间的内在关系。十七大报告全面深刻地阐述了科学发展观的历史地位与指导意义，指出：“科学发展观，是对党的三代中央领导集体关于发展的重要思想的继承和发展，是马克思主义关于发展的世界观和方法论的集中体现，是同马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论和‘三个代表’重要思想既一脉相承又与时俱进的科学理论，是我国经济社会发展的重要指导方针，是发展中国特色社会主义必须坚持和贯彻的重大战略思想。”（《十七大以来重要文献选编》（上），中央文献出版社2009年版，第10页。）前三个“是”，主要从理论角度阐述科学发展观在马克思主义发展史上的定位；后两个“是”，主要从实践角度阐述科学发展观在发展中国特色社会主义中的指导意义。
　　党的十七大将科学发展观正式写入党章，但却没有将之列为党的指导思想。胡锦涛在十七大报告起草工作一开始就表示，一个科学理论的形成和发展总是需要一个实践、认识、再实践、再认识的过程；我们党提出的科学发展观等重大战略思想得到了全党同志的认同，在实践中起到了重要指导作用，但这些重大战略思想提出的时间毕竟不长，还需要继续接受实践检验，并在实践中不断完善。他强调，应该坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，继续下大力气抓好科学发展观的贯彻落实，在落实上下工夫。