中美两国在防扩散问题上产生分歧、摩擦的主要原因是：

　　（1）中美两国战略利益不同。作为冷战后世界上唯一的超级大国，美国的战略目标是谋求维持以美国为主导的单极世界，不允许世界上出现可能挑战美国霸主地位的国家或国家集团。这与中国主张全球多极化，反对霸权主义的原则立场背道而驰。在防扩散问题上，美国既利用中国合作防核扩散，又限制中国有限战略核威慑的有效性，以防止中国挑战其在亚太事务中的主导权。这自然会受到中国的反对。

　　（2）中美两国安全理念不同。美国一直以绝对安全理念作为其安全战略的主导思想。为确保自身的绝对安全，美国一方面加强与冷战时期同盟国的关系，强化对其安全具有地缘战略意义的地区军事存在，甚至采取“先发制人”的战略，认为对它造成威胁的国家和地区事务进行武力干预；另一方面，增加国防预算，全面提高美国的国防能力。在防扩散问题上，美国的双重标准也正是出于这种理念。中国倡导新安全观，主张通过互信、互利、平等方式实现合作安全。在新安全观指导下，中国积极参与地区安全合作，支持在平等参与、协商一致、求同存异基础上，开展多层次、多渠道、多形式的地区安全对话与合作。正是这种安全理念的不同，造成两国在防扩散法律依据、途径和方式方面的分歧。

　　（3）防扩散问题在两国国家利益中的位阶不同。防扩散始终属于美国的重要国家利益，在克林顿政府时期，安全、经济及促进民主作为美国的三大核心利益，其排序随时间而变，其中防扩散属于军事安全利益的核心之一。“9·11”事件发生后，反对恐怖活动及防止恐怖分子获取大规模杀伤性武器被小布什政府认为是美国的首要安全利益。但对于中国而言，防扩散固然符合中国的安全利益，但防扩散安全利益在中国的利益排序远不及它像在美国的地位。在中国，核心利益是社会经济发展和维护国家主权。由于防扩散在两国国家利益中的位阶不同，两国在该问题上所给予的重视与投入就不同，两国在防扩散领域存在摩擦与分歧，也就十分自然了。

　　（4）美国不断在台湾问题上干预中国内政。中国政府认为，台湾问题属于中国的内政，采取何种方式解决是中国的主权范围内的事情，外国势力无权干预。美国则声称，台湾问题涉及亚太地区安全，中国采取的解决方式或正在采取的措施，关系到地区安全形势的前景，有必要将中国解决台湾的方式与售台武器的数量和质量联系起来。并宣称只有中国减少针对台湾的导弹压力，美国才不向台湾提供导弹防御能力。中国则将美国售台武器的政策与中国的防扩散政策挂钩，认为美国在售台武器上遵守承诺，是中国同美国合作的重要条件。20世纪90年代初、中期，两国在防扩散问题上摩擦的深层原因就是美国对中国内政的干涉。

　　中美两国在扩散问题上存在的分歧，特别是美国在处理两国关系中防扩散问题时的强权政治行为及美国国内的一些反华势力利用防扩散问题所进行的反华举措，对两国关系造成了伤害。如，美国1993年宣布对华制裁及“银河号”事件发生时，由于克林顿政府发布把“人权”状况与中国的最惠国待遇地位“挂钩”的行政命令，使中美关系的矛盾和摩擦呈日趋加剧之势，美国的这些强权行径，对中美关系无疑是雪上加霜。此外，美国反华势力在此问题上所制造的舆论，及一些议员关于对华制裁的提案，增加了两国间的不信任，同时，也伤害了中国人民的感情。

　　综上所述，冷战后，中美两国在扩散问题上存在合作、分歧乃至冲突相互交织的状况，因而也成为中美关系中的一个重要议题。总的来说，两国在防扩散问题上的合作是主要的。为了维护全球、区域和平与安全，中美两国在防止国际社会日益严重的核扩散趋势方面利益共同点增多，因而两国在全球、区域及双边层面就防核扩散问题进行了逐步深入的合作。中美两国在防扩散问题领域里的合作，一方面对于增进两国间的信任，促进两国间其他问题的解决起到了积极推进作用，另一方面，中美两国关于防扩散问题的一些分歧，对两国关系也产生了消极影响，特别是这一问题被美国国内政治势力所利用时，对两国关系产生了负面影响。