他反复告诫有关人员：“这些单位是国家的绝密工厂、院、所，对国防建设和加强战备极其重要，一定要保障其绝对安全，保证其连续生产。”“这些单位的‘文化大革命’，只能在业余时间进行，不准串联，不准停产，不准武斗，不准夺权。”周总理竭尽全力地保护了参与我国尖端科技的技术专家和行政领导干部。他命令第二、第七机械工业部和科研院、所的军管会负责人，采取切实措施，保护列入名单的科学家和干部的人身安全，并严肃指出：“如果这些人发生意外，我要找你们。”钱学森曾回忆说，“‘文革’中，我们都是受保护的；如果没有周总理的保护，恐怕我这个人早就不在人世了。”

　　在那样的局面下，能发出批评夺权派的声音已经很不容易了，更难能可贵的是，他还把一些处境困难的中央专委委员接到中南海保护起来。这期间，周恩来还嘱咐秘书转告受到冲击的二机部部长刘杰坚持住，不能承认反党、反社会主义。

　　张爱萍曾回忆“恩来同志如同保护许多同志一样竭尽全力救我于水火。在罗瑞卿同志突遭厄运时，恩来同志派我去大西北基地指挥第三次原子弹试验，这当然是工作的需要，但也有很浓的保护色彩。在揪斗成风时，他又任命我为总理联络员，在国防科技工业领域处理部院合并的事宜，这虽然也是势在必行，但也有让我避开风口浪尖的意图。可是，我终于在他力不能及的情况下，被投入了一个秘密监禁人的地方，被扣上了一长串置人于死地的大帽子”。

　　为防止“造反派”的夺权行为干扰尖端武器研制，周恩来与毛泽东商定，首先在国防工业等相关系统实行军管。

　　正是由于周恩来的倾心维护，1967年的5月，我国第一颗氢弹的加工装配以及试验准备工作才全部完成。5月9日，周恩来主持第十八次专委会，要求6月20日之前做好氢弹试验前的各项准备工作，并于6月1日至l0日，陆续提出六七月份试验场和烟云经过地区的详细的气象资料，再决定试验日期。

　　6月初，正在准备氢弹试验的关键时刻，七机部一个名为“九一六”的“造反派”组织居然占据了国防部大楼。由此可见，尽管三令五申，国防工业系统也不可能成为世外桃源。6月3日，周恩来让秘书通知“九一六”派：立即撤出，如不撤出就不予接见。当晚10时至次日凌晨4时，周恩来接见国防工业系统群众组织代表和军管会代表，指出：七机部“九一六”在国防部搞“万炮齐轰聂荣臻”是错误的，你们要承认错误。批判领导干部可以，但不能揪斗，必须给他们足够时间去工作。现在，中央有任务下来了，就要把批判往后推迟。不要搞疲劳战，以免造成事故。

　　周恩来的讲话，使“造反派”多少有些收敛。

　　1967年6月12日，周恩来主持中央专委小会，研究氢弹试验的时间等问题。为加强领导且保护聂荣臻，周恩来说：“聂老总，恐怕还是要请你去一趟罗布泊，可以吗?”聂荣臻心领神会地回答：“义不容辞!”

　　6月l7日，中国第一颗氢弹爆炸成功。这是中国进行的第六次核试验。

　　12月10日，周恩来召集中央专委会第十九次会议，研究即将进行的第七次核试验问题。针对“文革”中的派性斗争，周恩来下了命令：“一切两派争论都要停止，服从最高利益，全力以赴，形成整体。”

　　在周恩来的精心领导和安排下，l2月27日，我国第七次核试验取得成功。