1966年5月4～26日，中共中央政治局在北京召开扩大会议，讨论并通过了由毛泽东7次修改的《中国共产党中央委员会通知》（即“五一六通知”）。《通知》中一些重要段落均由毛泽东亲笔加写，反映了他对当时党和国家政治形势的错误估计。

　　这次政治局扩大会议，在很不正常的气氛中对彭真、罗瑞卿、陆定一、杨尚昆进行了错误的批判，无端地将他们打成“反党集团”，这使时任国务院副总理、财政部长的李先念大为震惊。通过这次会议，特别是听康生传达毛泽东对彭真及其领导的文化革命小组的尖锐批评后，李先念敏锐地感到中共高层领导中的紧张气氛，但他出于对毛泽东的信赖，力图理解贯彻中央的决定。6月1日，在财贸战线“四清”座谈会上，他一方面传达了《通知》的一些精神，同时也讲：“中央已经指出，对于文化大革命，开始的时候，许多同志还很不理解，很不认真，很不得力。我自己就有这错误。”同日，毛泽东指示，经康生策划的北京大学哲学系领导干部聂元梓等7人的大字报，由新华社全文播发。此后，“文化大革命”运动在北京和全国迅猛展开。

　　“文化大革命”以前，由于长期工作的劳累，王震的身体状况一直很不好。1964年9月，王震被批准离职休养两年，农垦部长和党组书记职务由陈漫远代理。这一决定王震当时是极不情愿接受的，但他服从了决定。1966年3月下旬，王震曾短期从湖南回到北京，同许多老同志一样，他不理解为什么要打倒“彭罗陆杨”，更不理解为什么要搞这样一场政治运动。6月19日，王震被批准“继续休养”，并嘱陈漫远亲自去“动员”催促，王震只得离京返回湖南。随后，农垦部就展开了对王震的揭批斗争。

　　当时，李先念在国务院主要分管财贸口工作。在战争年代和解放后的工作中，他与王震共同工作过，在震惊中外的中原突围战役中，建立了深厚的革命感情。随着“文化大革命”运动的深入，李先念尽管自身命运莫测，处境也越来越困难，但在周恩来的支持下，他仍想尽办法，采取各种方式保护受冲击的一些老干部。王震就是其中之一。从1966年到1968年，李先念为保护王震，亲自出席农垦部的有关会议，数次与王震交谈，对他进行开导、安慰，解决他的思想问题。据不完全统计，在这期间，李先念有关保护王震的批示与活动共有14次之多。

　　1964年6月20日，在王震离开北京的第二天，农垦部召开党组扩大会议，动员揭批王震。有人在会上说：王震不在家，并不影响对他的揭发。现在背靠背，将来面对面。对他可以出大字报，必要时还可以把他叫回来。这是一次不公平的、别有用心的批判与揭发。在随后的40天时间内，农垦部连接召开了18次党组扩大会议，对王震采取“缺席”审判，集中揭发他所谓“反党”罪行。农垦部的个别领导不仅自上而下地煽动群众反对王震，还将针对王震整理的所谓“四反”材料上报中央。因此，王震成为“文化大革命”中第一个遭到揭批的部长。

　　根据历次政治运动的经验，李先念在各种场合强调大字报不准上街；党内党外要有区别；党和国家机密、个人政治历史问题及作风问题、涉外问题都不准贴大字报；运动要有步骤地进行；特别反对对领导干部的揪斗和人身迫害。

　　7月底，王震从湖南回北京参加中共八届十一中全会。全会在不正常的气氛中通过了由“中央文革小组”起草的《关于无产阶级文化大革命的决定》，并对中央领导机构进行了重大改组。《决定》公布以后，红卫兵运动迅猛发展，社会动乱急速加剧，无政府状况急剧膨胀，冲击党政机关的事件到处发生，许多干部遭揪斗和各种形式的体罚。

　　8月18日，毛泽东首次接见红卫兵，王震也接到请柬，登上天安门城楼。可是，就在当天接见活动结束之后，有人便组织了200多人去王震家。他们事先准备了一个牌子，上面写着“黑帮头子王震”，进门之后，趁王震不备，一下子挂到他的脖子上，狂呼“打倒王震”、“砸烂王震独立王国”等口号。王震怒火中烧，一下子就把牌子摔在地上，并高喊：“我是革命的！”

　　得知农垦部造反派闯进王震家揪斗王震的消息后，受周恩来指示，李先念于当天下午到农垦部，听取农垦部党组的情况汇报。会上有人问：王震是不是黑帮？李先念气愤地回答：我怎么下这个结论？你又怎么下这个结论呢？对方无言以对。在农垦部全体干部大会上，李先念说：王震同志的材料我看了。我过去对王震同志比较熟悉，也比较了解。在一起行过军、打过仗，在一起工作过。中央其他同志对他也是了解的。第二天，李先念又将《农垦部群众代表与王震谈话情况》报送李富春并周恩来，并称：“对王震同志的问题，搞得愈来愈不像话，这样下去不好。请富春和总理抽时间谈一次，把方针确定下来。”

　　8月24日，周恩来亲自在人民大会堂接见农垦部造反派的代表，明确指出：“王震功大于过。王震从江西红军开始，到长征过草地，都是拥护毛主席的。从铁道兵到农垦部，也一直是跟着毛主席的。”“王震同志够不上黑帮。”“我讲的这些话是经中央政治局常委讨论，是毛主席决定的。”

　　可是，有人仍不甘心。他们频繁策划，一再提出要批斗王震，妄图向周恩来施加压力，他们的图谋受到李先念的抵制。8月27日，李先念将农垦部文革委员会抓王震到农垦部斗争情况的材料送给谭震林。批语说：“遵照富春同志批示，送陈漫远和党委同志阅好。”30日，又将农垦部群众针对王震的4张大字报批送薄一波。批语说：“群众意见，当时是不应当满足的。昨天总理告，王震应当限期把检查写出，并请你看一下，提点意见。”

　　王震的检讨是周恩来布置写的，李先念高度重视。9月7日，他致信李富春：“王震同志的检讨，已看过。电话中与震林同志商量，先讲了再让群众提意见，横直群众总是不满意的。讲了之后，宣布：停职反省，闭门思过。这样，王震同志即可以休息，并根据群众意见，再写一次检讨即可，如何，请决定。”周恩来也对农垦部召开的王震批判会作了明确指示：会场不许挂横标；王震作检查时，群众不喊口号，不插话；王震可按讲稿念。带着周恩来的指示，李先念于9月18日晚召集农垦部有关人员开会，反复做说服工作，告诫他们应按最高指示办事，不要把检讨会开成批判会。

　　然而，农垦部的有些人根本不听周恩来的指示和李先念的劝解，一意孤行。第二天，当李先念、谭震林等到达政协礼堂时，会场仍然打出“揭发批判王震反党言行大会”的横标，仍然有人带头呼喊“打倒资本主义当权派”、“横扫一切牛鬼蛇神”等口号，把会场气氛搞得异常紧张，这使李先念内心极端反感。王震在会上镇静地念完检查稿，没有承认任何强加给他的所谓“罪行”。可是，由于有人操纵，一些人在发言中无限上纲，把王震当成敌我矛盾加以批判，没有一人称王震为“同志”。批判会没有结束，李先念便愤然退出会场，以表明自己的态度。

　　1967年“二月抗争”后，李先念再不能直接出面为王震说话了，但他仍一如既往地关心王震的处境，及时向周恩来反映。3月17日，李先念接到王震要求回湖南和提议进口优良种子的信后，立即报告周恩来：“几天找不着王震同志，大概已经走了，我还可以继续找，如果他已到湖南，就让他在那里休息，如何？请示。”5月31日，李先念同王震谈话间，王震将其5月6日同群众讲话的材料送请李先念阅，得到基本认同。次日，李先念将该材料转送周恩来、谭震林阅。10月24日，李先念看到农垦部群众组织“延安兵团”要求批斗王震的材料，立即批给联络员并报告周恩来：“我看不能批。”11月，王震致信李先念，表示自己“反复地痛定思痛，想了又想，恳请下放到工农群众中去，受基层革命群众和革命干部教育”。信中还具体提出到海边或山区“一个公社生产队去长期安家落户”。19日，李先念将此信批给联络员，后因一些具体事宜，下放事情暂搁。

　　1968年初，在军代表即将进驻农垦部时，部内两派因王震是否出席欢迎军代表一事发生争执。1月9日，李先念批示：“王震同志不出去，出去之后反而对王震同志不好，可能会加强两派对立。还是由群众自己去商量。如果商量不好，并商得军代表同意，军代表可以自己进部。”军代表进驻农垦部后，王震请求批准到农垦部学习班学习。2月21日，李先念将此报告报送周恩来。3月15日，当收到农垦部军代表送来的“关于农垦部两派群众组织情况和王震情况的信”后，李先念一面将信报送周恩来，一面根据周恩来16日批示“先念同志，请将此信送王震同志一阅”，决定找王震面谈。在谈话中，李先念建议他正确对待群众意见，并告之同意军代表提出的让王震写个书面检查报告的意见。

　　1969年10月，因战备形势紧张，中共中央准备把一批老同志疏散到外地去，这其中就有王震。国庆节那天，在天安门城楼，王震向毛泽东、周恩来报告想去江西插队落户、参加劳动的想法。毛泽东沉吟了一下说：你下去走一走，看一看，搞点调查研究、科学试验也好。10月18日，王震及其全家离开北京赴江西，开始了两年的下放生活。

　　1971年“九一三”事件后，中共党内生活出现了转机。在周恩来的主持下，陆续起用了一些老同志，王震就是其中之一。9月29日，王震奉召回到北京，不久被任命为国务院业务组成员。1975年，四届人大召开以后，王震出任国务院副总理，分工主管铁道、邮电、交通和供销总社，在工作中与李先念相互支持，在危难时期，苦撑共和国经济危局，在粉碎“四人帮”的过程中又齐立新功。