1969年3月，苏联军队悍然入侵中国黑龙江省虎林县珍宝岛。

　　这时叶剑英虽然被迫离开军委领导工作岗位，但对"文化大革命"中发生的这一重大事件极为关注。3月初，他根据毛泽东、周恩来指示，同其他几位在北京"六厂二校"蹲点的元帅一起讨论国际形势。3月18日向中共中央、毛泽东写了报告，提出了7条具体建议。3月下旬，他同其他几位老帅一起多次研究了珍宝岛反击作战问题，并根据研讨的意见由他负责整理了一份《从世界的森林看一棵珍宝岛树》的报告，呈报毛泽东主席。报告站在世界全局高度分析了苏联军队突然入侵珍宝岛的原因、目的及其发展趋势，进而揭示了美苏称霸全球的战略企图、与各国之间的矛盾斗争。报告最后对民兵建设、军事训练、军工生产等一系列问题提出了具体建议。③（③叶剑英：《从世界森林看一棵珍宝岛树》，1969年3月29日。）"珍宝岛事件"以及由此加剧的中苏关系紧张局势，一直压在叶剑英的心头。在这一事件一周年之际，叶剑英身处外地，肺病复发，犹念及苏联百万大军压境的威胁，以《珍宝岛》为题赋诗一首：

　　病阅聊斋事可伤，

　　恒娘读罢又庚娘。

　　敌军压境魔侵肺，

　　心在边疆身在床。①（①《叶剑英诗词选集》，人民文学出版社1983年4月版，第54页。）

　　1969年4月，中共第九次全国代表大会在国际国内极其紧张的形势下召开。在这次大会上，由林彪作的政治报告中再次批判"二月逆流"。叶剑英在会上根据当时的国际形势，特别是珍宝岛事件，在发言中强调要保持军队的稳定，争取时间加强训练，提高部队战斗力，准备打败敢于来犯的任何敌人。而林彪、江青一伙则鼓吹国际"中心转移论"，强调军队要"突出政治"，对叶剑英继续进行围攻。但是，德高望重的叶剑英，却受到大会绝大多数代表的拥护和爱戴。在中共九届一中全会上，经毛泽东、周恩来等提议，他当选为中央政治局委员。

　　九大以后，叶剑英和陈毅、徐向前、聂荣臻等几位元帅，接受周恩来总理交代的任务，从6月7日开始，多次在中南海武成殿聚会，在陈毅主持下，全面深入讨论国际形势和战略问题。在会上，叶剑英作了几次很有见地的发言。他在发言中，根据国际形势的发展，强调要利用美国、苏联和欧洲各国之间的矛盾，尽快打开中美之间的僵持局面，恢复中美会谈。他说，现在美国不得不从南越逐步撤军，苏联在大力推动建立"亚洲安全体系"，尼克松访问亚洲五国，是怕苏联接管"真空"。美国国务院宣布"两个放宽"，步子虽然不大，但表明尼克松想拉中国的新动向。后来由参加会议作记录的熊向晖等根据元帅们讨论的情况，整理成一份书面报告《对战争形势的初步估计》，于7月11日由陈毅、叶剑英、徐向前、聂荣臻签署，上送周恩来总理转呈毛泽东主席。①（①访问熊向晖谈话记录，1989年10月。）在这份报告中，四位元帅对中、美、苏"大三角"的战略关系进行了深入的研讨，全面地分析了"中、美、苏三大力量之间的斗争"，着重地对苏美矛盾进行了深层次的分析，并判定：中苏矛盾大于中美矛盾，美苏矛盾大于中苏矛盾，反华大战不致轻易发生。报告全面地勾画了国际战略新格局，为打开中美关系局面提供了依据，为中共中央和毛泽东主席制定重大战略决策作出了历史性的贡献。②（②《对战争形势的初步估计》，1969年7月11日。）

　　这一年9月，越南劳动党主席胡志明逝世。叶剑英作为副团长陪同周恩来率中共代表团于9月4日乘专机前往河内吊唁，并与越南领导人举行会谈。