面对这种严峻的形势，中央军委从1月8日起连续召开军委碰头会、军委扩大会议。会议期间，叶剑英和陈毅、徐向前、聂荣臻等继续同林彪、江青一伙进行激烈的斗争。在一次军委扩大会议上，叶剑英针对全国、全军混乱不堪的局势，气愤地说："他们主张越乱越好，什么党、政府、军队，他们一概否定，都要推倒重来，说这是无产阶级向资产阶级夺权。我们的各级干部，他们给扣上走资派、黑帮、反动权威或其他什么罪名，企图一律加以打倒，说这才是毛主席的无产阶级革命路线。这怎么行呢?这怎么会是毛主席的思想和路线呢?"叶剑英讲到这里，有人当场高喊："他们有野心!""我们要和他们辩论!"会场上对江青等人的愤怒情绪达到了顶点。但是，作为会议的主持者叶剑英，还是开导大家冷静下来，要加强团结，加强组织纪律性，搞好战备。

　　这一期间，叶剑英在参加和主持军委的一系列会议的同时，还经常出席周恩来主持召开的中央政治局会议。在会议上，只要有机会，就同江青等进行面对面的交锋。在一次政治局会议上，叶剑英针对搞乱军队问题，再次强调指出："地方越乱，军队越要稳。不然，敌人乘虚而入怎么办?"他列举大量事实说明，全国13个军区，有7个军区在搞运动。全军157所院校都在搞运动。到处抓反动路线的代表人物。目标就是抓各个军区、军种兵种的领导人。三个总部，总后瘫痪了，总政几乎瘫痪，总参部分瘫痪。海军瘫痪了，空军瘫痪了。凡瘫痪了的单位，所有的办事机构、会议室、招待所全部被占领。领导人来一个抓一个。他激动地说："现在空军指挥部只好转移到战备工事中去。如果全国空中有什么事，指挥中断了，事情谁去办!"叶剑英据理力争，手里拿着全国军分区以上单位受冲击的统计表指给江青看，严肃地说：内忧必然引起外患，稳定军队是党和国家的根本利益!

　　经过叶剑英等力争，在周恩来支持下，1月14日，中共中央发出了《关于不得把斗争锋芒指向军队的通知》。通知强调军队担负备战和保卫国防的任务，不许任何人、任何组织冲击人民解放军的机关。这个通知对稳定军队发挥了重大作用。1月18日，叶剑英又主持制定了《关于各军区开展文化大革命步骤问题的决定》，继续强调一定要保持军队的稳定；各大军区、省军区机关运动必须分期分批进行，不要与地方同时展开；规定济南、南京、福州、武汉、广州、新疆、昆明七个军区推迟或暂停"文化大革命"。

　　据总参作战部王宪志等部分同志回忆，"文化大革命"开始以来，叶剑英经常听取军委总参谋部作战、情报等部门汇报，掌握部队动态，加强战备，保证部队的稳定。他还抽空视察部队，主持军委常委会听取导弹、核武器的试验、军工生产等情况的汇报，并作了大量的指示。