紧接着，在北京召开的10月中央工作会议上，双方又展开了针锋相对的斗争。在这次会上，陈伯达作了题为《无产阶级文化大革命中的两条路线斗争》的报告，点名攻击刘少奇和邓小平，大肆批判所谓"资产阶级反动路线"。林彪亲自出面讲话，抛出了所谓"群众运动天然合理"的谬论，说："一个是群众路线，一个是反群众路线，这就是我们党内两条路线的尖锐的对立。"并把斗争矛头对准刘少奇、邓小平，说刘、邓搞了另外一条路线，对抗毛主席的路线。

　　针对林彪、陈伯达的谬论，叶剑英在会议期间作了多次发言，反复提出这样的问题：军队怎么搞?农村搞不搞?小学如何搞?哪些可以办，哪些一时不好办?请大家考虑。他在发言中极力坚持军队师以下单位不搞"四大"，进行正面教育；要抓组织纪律，抓思想，抓政策；主张对干部的缺点错误，要靠后期自己整风纠正，总结经验教训。他坚决反对"造反派"随便揪人和抄家。他强调指出，不论是社会上抄家，还是对机关干部抄家，都要提到政策上考虑。①（①叶剑英在中央工作会议上的发言，1966年10月9日。）

　　林彪、陈伯达无视叶剑英的正确意见，他们利用手中的权力，向全国大量印发他们的"报告"和"讲话"，流毒甚广。自从他们提出了批判所谓"资产阶级反动路线"之后，林彪、江青一伙的追随者们到处煽风点火，迅速在全国各地掀起批判的浪潮，军队的形势急转直下，院校师生"造反派"纷纷外出串连，参与造反活动。总部和各军区机关不断被冲击，许多负责干部被揪斗。到11月，进入北京的军队院校师生已达10万人。林彪、江青一伙唆使一些不明真相的人带头冲击国防部，冲击中共中央和国务院所在地中南海。局势一发不可收拾。

　　叶剑英感到，事态的发展越来越严重，如果听任年轻学生盲目的行动，可能酿成更大祸害，使军事首脑机关完全陷入瘫痪状态。他同军委、总政的领导人紧急磋商，决定动员军队院校师生员工离京回校复课闹革命。经报毛泽东批准，11月13日，总政治部在北京工人体育场召开军队院校和文体单位来京人员大会(即第一次"10万人大会")，周恩来、陶铸、贺龙、徐向前、陈毅、叶剑英、萧华、杨成武以及各总部负责人同时出席。大会由总政主任萧华主持。几位军委副主席作了重要讲话，强调稳定军队，军队不能乱，对"文化大革命"中出现的许多非正常现象和错误作法提出了严肃批评，动员大家离京返校。

　　叶剑英在讲话中，首先"检讨"去年院校整风问题，然后谈到军队院校在"文化大革命"中的任务和政策。他说，同志们要掌握党的政策，使运动沿着正确的方向发展，我们不仅同情，还支持。但是真理是有限度的，列宁说过，真理跨过一步就成了谬误，越过了一定的量就会发生质变。叶剑英批评一些单位揪斗领导干部，外出串连，搞打砸抢，败坏军队的名声等错误行为。他说，我们是睁着一个眼睛，闭着一个眼睛。闭着一个眼睛放手，睁着一个眼睛看情况。

　　叶剑英引证毛泽东的话说，鲁迅的《阿Q正传》中有个人，是不准别人改正错误、不准人家革命。要允许人家犯错误，允许人家改正错误，允许人家革命。毛主席说，过去旧戏是《三娘教子》，文化大革命是"子教三娘"。我们要向青年学习。但是我们奉劝青年同志们，不要把毛主席著作当圣经念。不要再犯教条主义错误。

　　叶剑英劝大家要有阶级感情。他对有些"造反派"不顾老干部心脏病发作，不管人家死活，硬要把人家抓去批斗的做法，表示十分愤慨!他批评这些人没有无产阶级的感情，不是无产阶级的军人!要大家警惕少数别有用心的人，不要受坏分子利用。……

　　正当叶剑英讲话时，解放军兽医大学"红色造反团"的一名"战士"(学员)递条子给会议主持人萧华，责问这个大会"林副主席批准没有?"、"你们四位副主席的讲话是不是林副主席批准的?"叶剑英在主席台上当众宣读了这张条子，气愤地问大家："同志们，他怀疑我们大会是偷偷开的，同学们相信不相信我们?"台下回答："相信军委。"叶剑英接着说："我代表军委的全体同志感谢同志们信任我们，请同志们信任我们。"他告诉大家，四个人的讲话是军委集体讨论过的。他重复说，现在文化大革命是"子教三娘"，儿子教育老子，教育爷爷。但他希望递条子的那个学员也要接受教育帮助。①（①叶剑英在接见军队院校革命师生大会上的讲话，1966年11月13日。）

　　这次大会，在全国范围内，尤其在北京引起巨大反响，陈毅、叶剑英等元帅的讲话迅速传播四方。受迫害的老干部和一切正直的人们，无不表示赞同，而林彪、江青一伙及其追随者们则认为陈、叶的讲话违背了"十六条"和"紧急指示"，是"镇压群众"，"资产阶级反动路线的猖狂反攻"。有几个院校成立"批资筹备处"，准备批斗几个元帅。"陈、叶讲话必须批判"的大标语出现在街头。

　　11月29日，在工人体育场再次召开了军队院校师生大会(即第二次"10万人大会")。据曾经参加这两次大会的杨德中、曹清、董守福等回忆，这次大会比上次大会气氛更为紧张。"造反派"在林彪、江青一伙指使下，决定利用这次大会，进行"反击"。他们在会场贴满了大字标语，声言陈、叶上次讲话有"严重错误"，必须"彻底批判"。周恩来得知这一情况后，对大会非常关心，亲到会场看望大家，绕场一周随即离去。陈毅第一个讲话。他在讲话中，满腔热忱地鼓励和教育青年军人，要他们学会正确对待路线斗争，"应该弄清思想，团结同志，共同对敌"。

　　在陈毅讲话之后，叶剑英再次作长篇发言。他首先念了几张台下递来的条子，回答了所提的问题。对有人提出要为上次递条子的学生恢复名誉问题，叶剑英耐心地讲明道理，明确表示了否定的态度。

　　接着，叶剑英着重阐述了毛泽东对青年一代的亲切关怀和殷切希望，以及军队院校培养学生的重要意义。他肯定绝大多数师生是革命的，是好的，同时对少数人不守纪律，"住大房子"、"坐小汽车"，讲排场、摆阔气等破坏解放军优良传统等不良倾向提出了严厉批评。他说，一小撮人煽动一部分群众到毛主席办公的地方猛冲、猛打，这行吗?这些人如果不改，就是废品，将来不能用的。有人说我又挑动群众斗群众，不是!我不敢挑动群众斗群众。这样的人不是群众，是废品，要洗刷!有人冲我们的国防部是个大错误，严格讲是反革命!最后，他苦口婆心地劝说同学们回校闹革命，搞好本单位的斗、批、改。①（①叶剑英在接见军队院校革命师生大会上的讲话，1966年11月29日。）

　　也就在这次大会的同一天，叶剑英针对一些"造反派"提出怀疑中共中央某些领导人的问题，明确指示军事博物馆要保留刘少奇和邓小平在各个革命历史时期的照片。

　　叶剑英和军委其他领导人两次参加"10万人大会"并发表讲话，是对"文化大革命"的第一次公开对抗，也是对解放军院校师生进行的一次深刻教育。叶剑英和其他几位元帅理直气壮的讲话，使党内外的广大干部和群众受到了鼓舞，也促使一些狂热的青年学生听到了不同的声音，开始重新思考问题。有相当一部分院校师生接受了劝说，离京返校，甚至宣布退出"造反"队伍。这对林彪、江青一伙是一次"反冲击"，正因为这样，他们掀起了疯狂的反扑狂潮，诬蔑叶剑英是挑动群众斗群众的"罪魁祸首"，是"军内资反路线的代表"，为刘少奇、邓小平"树碑立传"等等，挑拨不明真相的学生和群众对叶剑英进行"火烧"、"炮轰"。江青和康生等秘密策划，煽动"造反派"再开一个"10万人大会"，批斗叶剑英和陈毅。