1966年，中国开始进入史无前例的"文化大革命"时期。

　　这一年，5月中共中央政治局扩大会议和8月八届十一中全会相继通过了《五一六通知》和《关于无产阶级文化大革命的决定》，对所谓"彭真、罗瑞卿、陆定一、杨尚昆反党集团"和所谓"刘少奇、邓小平司令部"进行了错误的斗争，对党中央领导机构进行了错误的改组，成立了所谓"中央文革小组"，并让它掌握了中央的很大一部分权力。林彪、江青、康生、陈伯达、张春桥等乘机煽动"打倒一切，全面内战"，全国陷入了混乱局面。

　　"文化大革命"开始，身为中央书记处书记和军委副主席兼任军委秘书长的叶剑英，负责主持军委日常工作。他重任在肩，异常繁忙，心情一直处于紧张和矛盾之中。他虽然从一开始就感到运动来得迅猛，处于"不理解"的状态，但出于对毛泽东的长期信赖和深厚情感，还是力图跟上毛泽东对运动的部署。他根据毛泽东的指示，曾一度负责首都工作小组，保卫北京市的安全。然而随着运动的深入，越来越乱，问题暴露的越来越多，他觉察到运动的矛头所向不对，开始为国家与军队的命运和前途担忧，对运动中出现的一些错误逐步进行抵制和斗争。①（①访问韩双亭、史进前、吴德谈话记录，1985-1994年。）

　　斗争集中围绕着"要不要党的领导和要不要稳定军队"问题展开。

　　林彪、江青一伙从"文化大革命"一开始就企图否定党的领导，制造天下大乱，同时搞乱军队。他们指使军内外"造反派"冲击军事机关和围攻军队领导干部，妄图从乱中夺权，改变人民军队的性质，使之成为他们随心所欲的篡党夺权的工具。

　　叶剑英和军委几位领导人始终坚定地认为："天下不能乱，长城不能毁"，人民解放军这支几十年来在党绝对领导下的革命军队，无产阶级专政的坚强柱石，无论天下怎样乱，一定要稳住阵脚。只要军队不乱，天下就保得住。②（②叶剑英谈话记录，1982年11月11日。）因此，叶剑英要求军队必须保持高度戒备，听从统一指挥，并同徐向前、聂荣臻、陈毅、贺龙等几位元帅和总政治部主任萧华、副主任刘志坚等多次研究，制定了一系列稳定军队的规定和措施。据查阅中共中央、中央军委有关文件和会议记录，以及访问刘志坚、李曼村等回忆，主要的有：(一)5月25日，向全军发出《关于执行中央5月16日通知的通知》。通知明确规定，全军各级党委对运动"加强领导"，"在连队和一般机关干部中，着重进行正面教育"。并且规定要"点名批判"的人，由各大单位常委批准。(二)6月14日，向全国县团级以上单位发出《关于部队开展文化大革命运动几项措施的请示报告》，明确规定在连队和师以下战斗部队中着重进行正面教育。军队一律不准上街游行，一般不参加地方的批判大会。而且把军内"文化大革命"限制在宣传、文化等少数部门。决定在总政设立全军文化革命小组和文化革命办公室。同一天，叶剑英向毛泽东、周恩来作了《关于建立军委常务会议问题的请示》。经批准后，凡涉及军队的重大问题，由军委召开常务会议讨论决定，以加强军委的集体领导。(三)6月21日，叶剑英批准下发关于军队"文化大革命"的六条指示。指示要求对各院校的情况进行具体分析，区别对待，并决定"整风彻底"的院校不开展"四大"，即不搞大鸣、大放、大辩论、大字报。(四)7月8日，叶剑英在《部队文化革命动态》上以总政治部名义加上一个批语：军队"文化大革命"只限制在23所高等技术学校中进行。(五)8月16日、23日，叶剑英主持军委常委会继续强调军队与地方不同，军队运动一定要在各级党委领导下进行，不能乱，不能随便揪斗、处分干部。"罢官"问题要等运动后期处理。不能不经过批准查阅军委和总部机关档案，要严格控制。(六)9月3日，经叶剑英批准，总政治部发出不准军队院校师生来京串连的三条指示。(七)9月23日，叶剑英主持军委常委会讨论通过《关于干部战士亲属被斗被抄情况及处理意见》，在会上提出，各大军区目前工作重点应即转向抓好部队工作，保证部队正常秩序。由于及时采取了这些措施，在"文化大革命"初期，军队开展"四大"仍由各级党委领导，在党委领导下设立文化革命小组及其办事机构具体掌管，并限定"四大"只在宣传、文化、院校科研等少数部门和单位开展，从而使军队基本上保持了稳定的局面。

　　在此期间，叶剑英还派出联络小组出席海、空军党委扩大会议，交代联络员"只带耳朵，不带嘴巴"，进行大量调查。当发现林彪暗中指使李作鹏等人搞派性，制造混乱，妄图夺取海军领导权时，叶剑英即报告刘少奇、邓小平，在中央、军委常务联席会议上，对海军问题作了专题研究。他根据总书记邓小平的指示，亲自到海军党委扩大会议上讲话，明确指出：一、萧劲光等是好同志，有错误可以检讨；二、军队不能罢官夺权，会议本身作决议撤换领导是错误的；三、按党的民主集中制办事，不准搞地下活动，强调分清是非，搞好团结，批评了某些人"抢班夺权"的错误。对空军也是如此，他亲自打电话给空军司令部参谋长何廷一，告他"不要卷进去"，站稳立场。由于采取了相应措施，从而有效地抵制了林彪一伙夺取海、空军领导权的阴谋活动。①（①访问何廷一、胡友之、朱军、莫阳、李文芳等谈话记录，1986-1993年。）

　　但是，林彪、江青一伙出于乱军夺权的卑鄙目的，对叶剑英等抵制"文化大革命"、稳定军队的做法怀恨在心，多次密谋要搞乱军队。在钓鱼台中央文革小组的一次碰头会上，陈伯达叫嚷：军队已经跌到了修正主义的边缘!江青质问列席会议的总政治部负责人：你们军队为什么按兵不动?对军队那些"走资派"为什么不揪?我看就是有人压着。她说的"有人"，首先指的就是叶剑英。他们经过精心策划，10月1日在天安门城楼上，由第二军医大学群众组织"红色造反纵队"的一个头头向毛泽东、林彪告状，说军队镇压群众，与地方做法不同，搞了许多条条框框，限制太多等。林彪下令要全军文化革命小组立即发一个紧急指示，让军队院校的"文化大革命"完全按地方的做法搞。于是，10月5日发布了《关于军队院校无产阶级文化大革命的紧急指示》："根据林彪同志的建议，军队院校的文化大革命运动，必须把那些束缚群众运动的条条框框取消"，明令取消军委、总政关于"军队院校文化大革命运动在撤出工作组后由院校党委领导"的规定，以及不在军种、兵种院校范围外的地方院校串连等其他许多规定。要求军队院校完全按照"十六条"的规定办，开展"四大"。同一天，中共中央向全国转发了这一文件，并要求全国大中学校坚决贯彻执行。这个"紧急指示"发布后，军队院校和某些机关中的一些"造反派"到处"踢开党委闹革命"，乱冲乱闯。军队受到了很大冲击，战备训练受到了影响。叶剑英目睹"造反派"自毁长城的破坏活动，又无力制止，甚为焦虑。他在西山住所同军委、总政的领导同志个别接触，商量对策。随后，即以总政治部名义，起草了《关于各总部、国防科委、军种兵种机关必须经常保持战备状态的通知》，要求"我军必须经常保持高度的警惕和战备状态，随时准备对付敌人的突然袭击。各总部、国防科委、各军种的主要领导同志，在完成上述任务中担负着重要的责任。必须保证他们对部队实施经常的指挥，不能中断。未经军委许可，他们不能离开指挥岗位"。"对于机关的办公室、通信设施、保密设备要妥为保护，以免影响他们对部队的指挥和日常工作的进行。"这个通知，林彪看后转送给"中央文革"，被陈伯达以"借战备压革命"的罪名加以扣压。为了控制由于林彪下令炮制的《紧急指示》所造成的日益混乱的局面，刘志坚根据叶剑英的指示精神，曾先后起草过5份电报，但都被陈伯达扣压了。