日本东京大学东洋文化研究所成立于1941年11月26日，目的是对亚洲文化进行综合性研究。研究所成立之初，按照学科分设哲学·文学·史学部门、法律·政治部门以及经济·商业部门，并在附属图书馆内设置了研究室、书库和事务室。随后，研究所根据研究对象的变化和自身条件，又进行了一系列的扩充和整改。1949年，研究所新增设了3个部门，并借此机会将研究组织细分，重新编成哲学·宗教、文学·语言、历史、美术史·考古学、法律·政治以及经济·商业等6个部门。1951年，研究所增设了人文地理学部门和文化人类学部门；1960年之后又增设了南亚政治经济部门、东北亚部门、西亚历史·文化部门、东南亚经济·社会部门、西亚政治·经济部门，至此一共拥有了13个部门。由于亚洲在世界中所占的位置愈来愈重要，为了使研究所在日本的亚洲研究中发挥指导性作用，从1981年起采用了大部门制，把原有的13个部门统合成泛亚细亚部门、东亚部门、南亚部门、西亚部门，共四个部门，直至现在。

　　 研究所的研究地域包括整个欧亚大陆的大部分地区，研究对象也涵盖了从考古到现代研究、从人文科学到社会科学的广阔领域。研究人员在独立研究各自专业课题的同时，为了避免各专业的孤立，还组织共同研究会和各种研究班以培养跨学科研究。该研究所的特色是，把文献研究与实地调查有机地结合起来，综合地进行古典与现代的研究。

　　 为了深化上述特色的研究，研究所制定了从1993年开始的十年计划：一个是“中国社会的变动对亚洲诸国影响的研究”，另一个是“激烈变动的伊斯兰教圈的政治·社会构造的改变过程的研究”；其后不久，又推出了第三个长期研究计划“环波斯湾地区的社会·经济·文化的交错与变动”。这些研究计划都得到日本国内及海外尤其亚洲各国研究者的通力合作。研究所也在积极谋求增设外国研究人员的部门。

　　 为使上述研究计划得以切实丰富的展开，研究所于1995年10月与香港大学亚洲研究中心签署了学术交流协定，开始了以中国为中心的长期研究计划。交流协定的主要内容包括实施合作研究、学者·研究者相互访问、交换资料及研究情报。1997年，研究所又与新加坡大学社会学部缔结了同样的学术交流协定，开始了关注环波斯湾地区的合作研究。立足于这些成果，研究所计划将来在北京、德里、伊斯坦布尔、安曼等地设置研究据点，以期形成亚洲研究网络。

　　东洋研究所开设了一系列讲座参与东京大学的研究生院教育。研究所成立之初，就将培养年轻研究者作为亚洲研究的重要一环，计划设置以亚洲地区的比较论、关系论为中心的新专业。研究所积极参与制定东京大学的人才培养计划，并将为实现这一计划而不断努力。

　　 研究所的英文刊物The International Journal of Asian Studies是由东洋文化研究所和东京大学组办、剑桥大学出版的国际性亚洲研究学术刊物，创始于2004年1月，每年发行两次。它反映了高水准、最前沿的东亚学术研究动态，内容除了课题的研究成果之外还有许多来自国内外的投稿。目前，杂志最关注的领域是利用跨学科研究、在历史的框架下关注当代亚洲不同地区的变化和发展。