抗日战争时期，刘华清同志先后任八路军129师386旅干部大队大队长兼政治委员，129师司令部秘书主任，参加了七亘村、长生口、神头岭、响堂铺等战斗，并受命护送邓小平同志由八路军总部到129师赴任。1938年8月，任129师政治部宣教科科长。1939年春，任中共中央北方局党校党总支书记。同年9月任129师供给部政治部主任。1940年在威震中外的百团大战中，他带领供给部夜以继日地生产和调运军需物资，有力保障了前方部队作战。同年11月起任冀南军区政治部组织部副部长、部长，在日本侵略军不断残酷“扫荡”、合围的艰苦岁月里和大家顽强坚持斗争。1944年任平原军区政治部组织部部长。1945年2月，任冀鲁豫军区第6军分区副政治委员，率部参加对日伪军的攻势作战，收复了夏津、高唐县城。

　　解放战争时期，1945年11月，刘华清同志任晋冀鲁豫军区第2纵队6旅政治委员，率部参加了上党、邯郸、出击陇海路、定陶、巨野、鄄城、滑县、豫皖边战役和豫北反攻作战。1947年6月，率部随晋冀鲁豫野战军挺进大别山。羊山集战役中，在友邻部队进攻受挫、战场态势万分危急的情况下，他冷静观察、判明敌情、正确指挥、大胆建议，率部英勇战斗，迅速击破敌军阵地，所部荣立大功一次。1948年率部参加淮海战役，转战桐柏、江汉地区，牵制敌黄维、张淦兵团，配合北线野战军主力作战。他运用灵活多样的作战样式，率部协同友邻部队阻击黄维兵团，后奉命阻击李延年兵团，为淮海战役胜利作出了贡献。1949年春，任第二野战军11军政治部主任，参加了渡江战役。同年6月起任第二野战军军政大学政治部副主任、主任、校党委委员，为解放和建设大西南培养了一大批优秀军政干部。

　　中华人民共和国成立后，刘华清同志先后任西南军区军政大学党委书记兼政治部主任，第二高级步兵学校政治部主任，中国人民解放军第10军副政治委员兼政治部主任。1952年5月，任大连海军学校副政治委员、校党委书记。1953年3月，任第一海军学校副校长兼副政治委员，主持学校日常工作。1954年8月，赴苏联伏罗希洛夫海军学院学习，比较系统地学习了海军专业理论和高级指挥学。1958年回国后，相继任海军旅顺基地第一副司令员兼参谋长、北海舰队副司令员兼旅顺基地司令员。他组织基地部队参加旅大海岸防御战役演习，主持编写修改海军40余种条令、训练大纲和教材，提出并组建了基地核心战斗部队。1961年8月，任国防部第七研究院院长。他带领全院人员白手起家，艰苦创业，开展新型舰艇的自主研究设计。经过4年努力，初步形成了舰艇科研设计体系。1965年任第六机械工业部副部长、部党委成员兼第七研究院院长。在部院合并、厂所合并中，他坚持正确意见，使七院各配套专业比较完整地保留下来，确保了人心不散、力量不散、研究不断线。

　　“文化大革命”中，刘华清同志受到迫害。他敢于坚持原则，同林彪、“四人帮”集团进行坚决斗争。同时顶住逆流，努力为科学研究工作的恢复和开展创造有利条件。1966年10月，任国防科委副主任，协助聂荣臻同志组织全军装备科研工作，在极其困难的条件下，促成远洋测量船和导弹驱逐舰、导弹护卫舰、新型常规动力潜艇的上马，组织展开核潜艇研制工作，组织研制和改进高炮系统、地空导弹、反坦克武器以及高空高速歼击机。在我国第一颗人造地球卫星“东方红一号”研制中，他敢于负责，积极支持技术人员大胆工作，保证了研制工作顺利进行。1970年12月，任海军副参谋长。1975年9月，他向邓小平同志专门写了《关于海军装备问题的汇报》，受到邓小平同志的关注和重视。同年10月任中国科学院党的核心领导小组成员，促成了一批重要工程上马。