1998年3月10日，九届全国人大一次会议在北京人民大会堂举行第三次全体会议。关于国务院机构改革方案的决定经表决获得通过后，全场热烈鼓掌。

　　1998年4月6日，国家体育总局挂牌仪式在原国家体委举行。

　　1998年3月10日，九届全国人大一次会议审议通过了《关于国务院机构改革方案的决定》。这次改革以推进社会主义市场经济发展为目的，目标是建立办事高效、运转协调、行为规范的政府行政管理体系，完善国家公务员制度，建设高素质的专业化行政管理队伍，逐步建立适应社会主义市场经济体制的有中国特色的政府行政管理体制。通过改革使政府职能转变有了重大进展，撤销了10个工业专业经济部门，即电力工业部、煤炭工业部、冶金工业部、机械工业部、电子工业部、化学工业部、地质矿产部、林业部、中国轻工业总会、中国纺织总会。改革后除国务院办公厅外，国务院组成部门减少到29个。

　　这次改革与以往的机构改革相比具有的特点是：第一，政府不再直接管理企业，使企业成为依法自主经营、自负盈亏、照章纳税的市场主体；解除了政府主管部门与所办经济实体和直属企业的行政隶属关系，在人财物方面彻底脱钩。第二，通过职能调整，将综合经济部门改为宏观调控部门，加强了政府的宏观调控能力，逐步改变了政府管理经济的方式和手段。第三，减少了行政审批事项，转变了工作方式。第四，明确界定了政府各部门的职责分工，避免职责交叉，完善了运行机制和办事程序，提高了行政效率。

　　1998年政府机构改革实施后，中共中央各部门和其他国家机关及群众团体的机构改革陆续展开；1999年以后，省级政府和党委的机构改革分别展开；2000年，市县乡机构改革全面启动。

　　2002年，辽宁省鞍山市建立公共行政服务中心，将政府46个职能部门的439项与企业、投资者和市民密切相关的行政审批项目集中在大厅的101个窗口内，实行“一站式”、“柜台式”服务。

　　在此期间，各级人大、政协机关、法院、检察院机关、群众团体等也先后进行了机构改革。结合干部人事制度改革，在精减人员、定编定岗的同时，全国普遍推行了干部竞争上岗和岗位轮换，干部队伍结构发生了较大变化，整体素质有了明显改善。国务院机构改革后，40岁以下公务员人数占公务员总数的比例由原来的53%上升到59.6%；省政府各部门中层干部年龄平均下降5岁。

　　1999年1月5日，中共中央、国务院发布了《关于地方政府机构改革的意见》。省级政府机构改革基本建立了与国务院机构框架大体协调的省级政府组织结构。组成部门一般设置25个左右，直属机构15个左右。在机构综合设置方面进行了尝试，加强执法监管部门，组建适应新兴产业发展的机构等。从1999年下半年开始，各地党委、政府在组织实施省级党政机构改革工作的同时，组织力量着手对市县乡党政机关的职能配置、机构设置和人员编制等进行调研，全国市县乡机构改革开始启动。到2002年10月底，市县乡机构改革全部结束。地方各级政府机构改革完成后，省级政府机构设置平均由55个减到40个，人员编制精简47%。市（地）级政府机构平均由45个减少到35个，县级政府机构平均由28个减少到18个，人员编制精简19%，改变了长期以来在计划经济体制下形成的政府机构框架。

　　政府组织结构的调整优化，为中国现代化建设提供了重要的组织保证，初步改变了计划经济条件下形成的传统管理观念和管理方式，逐步转向主要运用经济手段、法律手段管理社会经济事务。政府依法行政和行政管理法制化、规范化、公开化程度有所加强。